يعتمد مبدأ عمل كوب الشفط الزجاجي الفراغي بشكل أساسي على مبدأ الضغط الجوي وتكنولوجيا الفراغ. عندما يكون كوب الشفط على اتصال وثيق بالسطح الزجاجي، يتم استخراج الهواء الموجود في كوب الشفط من خلال بعض الوسائل (مثل استخدام مضخة التفريغ)، وبالتالي تشكيل حالة فراغ داخل كوب الشفط. بما أن ضغط الهواء داخل كوب الشفط أقل من الضغط الجوي الخارجي، فإن الضغط الجوي الخارجي سيولد ضغطًا داخليًا، مما يجعل كوب الشفط يلتصق بقوة بالسطح الزجاجي.

على وجه التحديد، عندما يتلامس كوب الشفط مع السطح الزجاجي، يتم سحب الهواء الموجود داخل كوب الشفط للخارج، مما يخلق فراغًا. نظرًا لعدم وجود هواء داخل كوب الشفط، لا يوجد ضغط جوي. يكون الضغط الجوي خارج كوب الشفط أكبر من الضغط الموجود داخل كوب الشفط، وبالتالي فإن الضغط الجوي الخارجي سينتج قوة داخلية على كوب الشفط. هذه القوة تجعل كوب الشفط يلتصق بإحكام على السطح الزجاجي.

بالإضافة إلى ذلك، كوب الشفط الزجاجي الفراغي يستخدم أيضًا مبدأ ميكانيكا الموائع. قبل أن يمتص كوب الشفط الفراغي، يكون الضغط الجوي على الجانبين الأمامي والخلفي للجسم هو نفسه، كلاهما عند ضغط عادي بمقدار 1 بار، ويكون فرق الضغط الجوي 0. هذه حالة طبيعية. بعد امتصاص كوب الشفط الفراغي، يتغير الضغط الجوي على سطح كوب الشفط الفراغي للكائن بسبب تأثير الإخلاء لكوب الشفط الفراغي، على سبيل المثال، يتم تقليله إلى 0.2 بار؛ بينما يظل الضغط الجوي في المنطقة المقابلة على الجانب الآخر من الجسم دون تغيير ويظل ضغطًا طبيعيًا بمقدار 1 بار. بهذه الطريقة، يوجد فرق قدره 0.8 بار في الضغط الجوي على الجانبين الأمامي والخلفي للجسم. هذا الاختلاف مضروبًا في المساحة الفعالة التي يغطيها كوب الشفط هو قوة الشفط الفراغي. تسمح قوة الشفط هذه لكوب الشفط بالالتصاق بقوة أكبر بالسطح الزجاجي، مما يحافظ على تأثير امتصاص ثابت حتى أثناء الحركة أو التشغيل.