يعتمد مبدأ عمل كأس الشفط الزجاجي المفرغ بشكل أساسي على مبدأ الضغط الجوي وتقنية التفريغ. عند ملامسة كأس الشفط لسطح الزجاج، يُسحب الهواء من داخله باستخدام مضخة تفريغ، مما يُشكّل حالة فراغ داخله. ولأن ضغط الهواء داخل كأس الشفط أقل من الضغط الجوي الخارجي، يُولّد الضغط الجوي الخارجي ضغطًا داخليًا، مما يُثبت كأس الشفط بإحكام على سطح الزجاج.

تحديدًا، عند ملامسة كأس الشفط لسطح الزجاج، يُسحب الهواء الموجود داخله، مما يُحدث فراغًا. ونظرًا لعدم وجود هواء داخل كأس الشفط، ينعدم الضغط الجوي. وبما أن الضغط الجوي خارج كأس الشفط أكبر منه داخله، فإن الضغط الجوي الخارجي يُولّد قوةً داخليةً عليه. تُثبّت هذه القوة كأس الشفط بإحكام على سطح الزجاج.

بالإضافة إلى ذلك، يستخدم كأس الشفط الزجاجي المفرغ أيضًا مبدأ ميكانيكا الموائع. قبل امتصاص كأس الشفط المفرغ، يكون الضغط الجوي على الجانبين الأمامي والخلفي للجسم هو نفسه، وكلاهما عند ضغط طبيعي 1 بار، ويكون فرق الضغط الجوي 0. هذه حالة طبيعية. بعد امتصاص كأس الشفط المفرغ، يتغير الضغط الجوي على سطح كأس الشفط المفرغ للجسم بسبب تأثير إخلاء كأس الشفط المفرغ، على سبيل المثال، يتم تقليله إلى 0.2 بار؛ بينما يظل الضغط الجوي في المنطقة المقابلة على الجانب الآخر للجسم دون تغيير ولا يزال ضغطًا طبيعيًا 1 بار. وبهذه الطريقة، يوجد فرق قدره 0.8 بار في الضغط الجوي على الجانبين الأمامي والخلفي للجسم. هذا الفرق مضروبًا في المساحة الفعالة التي يغطيها كأس الشفط هو قوة الشفط المفرغ. تسمح قوة الشفط هذه لكأس الشفط بالالتصاق بشكل أكثر ثباتًا بسطح الزجاج، مما يحافظ على تأثير الامتزاز المستقر حتى أثناء الحركة أو التشغيل.